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一、集装箱箱体空间的限制标准集装箱的箱体尺寸是 一定的，作为建筑组件，其可使用的净空间是 有限的，净高不超过260cm，宽不超过2.4cm，一定程度上限制了使用功能的多样化。若想获得更大的单元空间，就需进行箱体扩展等大尺度的改造工作，成本也会变得昂贵。由于集装箱建筑结构构造及其受力特点，不适合太大的开洞面积和跨度的调控，其堆积的高度也不宜过高；于是 就需要通过精细化的前期设计，合理安排内部空间的使用，以工厂预制的方式实行设备、装修一体化建造，合理布置功能分区，使用可折叠、伸展的可灵活使用的家具设施，要在改造过程中充分挖掘集装箱所有构件的潜力，扩大可使用空间。这在第二章节有较为详细的空间策略。同时，要注意并承认的是 ，集装箱并不是 适合于所有的建筑类型，因此在某些建筑项目中，集装箱并不是 最好的选择。
二、相关法律法规的缺乏，难以落户
如今建筑法规里没有 集装箱房屋的合法规范出现，它们一直只以临时性过度建筑的身份建造，“落户”问题也没有很好统一的解决政策。即使今后其结构和构造都达到了永久建筑的要求，没有政策的保障，也会降低其使用范围和普及率，这在一定程度上限制了集装箱式建筑的发展。
(1)我国在这方面已经有了一定的工作和发展。例如：海宁市主要针对集装箱超市在用地与政策上的合法性问题，召开各相关部门协调会。最终当地工商局协助拟定了《房屋权属证明》文件，旨在确认集装箱连锁店可用于商业活动。
(2)国家应出台一定的政策来规范集装箱建筑的建造活动，同时鼓励其向好的方向发展。相关监督机构可对集装箱建筑的建造过程进行检查，其中包括对采购项目的监督管理，对生产厂商的评估、审核及选定，设计审查，防台风计算审核，对原材料和部件的检查认证，生产进度及交货期的控制以及交货前检查等。总之，集装箱建筑的建造全过程应在第三方监控下进行，以使其质量得到保证。也可寻求特定区域，进行集中化建设，形成规模化优越性，降低成本。
(3)由中集集团组织及编制的国家《集装箱模块化组合房屋技术规程》，于2013年6月正式颁布并在全国范围内出版发行。《规程》明确了各项技术参数，扫清了技术障碍，建立了国家标准。为集装箱模块化房屋成为合法建筑提供了保障，全面填补了国家在该领域的空白，对国家相关产业的发展具有非常重要的里程碑意义。
三、标准化与人性化的矛盾
利用集装箱的标准化和模块化，可寻求建造的速度和高效，但也限制了建筑师的奇特想法。设计中应考虑建筑的细节构造，有效保证其丰富性和人性化的发展，不至使其流入低俗。
四、人们的接受度
集装箱作为建筑的角色己经很长时间，但是 在大家眼里，铁皮的房屋丑陋、堆放在港口堆场、生锈、凹陷、没有窗户；活动集装箱房的室内闷热或寒冷、吵闹、空间拥挤(尽管它并非完全这样)，它只能是 呆板、价格低廉、“影响市容”的临时性棚屋，对此种类型的建筑比较陌生，并不认可其在建筑灵与欲的价值。但是 事实是 ，这些更多的是 人的心理障碍， 集装箱活动房屋改造装修之后完全可以和传统建筑一样的品质优良，但是 要使人们接受集装箱建筑及其概念，需要一定时间和努力，同时箱体也需要更大的改变。在Tempohousing公司这里，他们通过使用单独的幕墙系统，给集装箱容器加一个优雅的外墙，提供丰富的选择，从传统的材料到高端的装饰，与平日见到的建筑别无两样，只是 将全球生产线中使用的容器发展成预制房屋。而它们在成本、效率、质量、可持续发展方面有着更多的竞争力。
五、集装箱建筑物理性能
其保温隔热性能差，室内热环境不稳定；防火性能不足，当达到600摄氏度的燃烧温度时，钢结构会融化；箱体拥有良好气密性的同时，室内排水性能很差；钢结构箱体易锈蚀，必须做好防锈措；完全封闭的空间，采光通风性能差。具体使用中，要满足房屋使用的功能适应性，集装箱本身是 达不到的，需要使用更多的方式进行合理的细部改造。在后面几个章节中会提出以上问题的改进措施，为实现功能合理，空间灵活，造型多样的集装箱设计提供借鉴。
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